二者表示时间时均意为“在……之后”。in +时间段，与将来时连用。after +时间段，与过去时连用。after +时间点，也可与将来时连用。

He will be back home in an hours. 

He came back home after one hours. 

He will be back after one o'clock.

 是一样的，都表示“在……”之后。